El Gobierno del Estado de México valoró la necesidad de crear un organismo que se encargara de coordinar, ejecutar y controlar el desarrollo de los programas federalizados y estatales de construcción, mantenimiento y equipamiento de la infraestructura educativa de la entidad, por lo que se decidió fusionar los recursos estatales asignados a la Coordinación de Instalaciones Educativas, adscrita a la Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social, con los recursos federales asignados a la Jefatura de Zona del CAPFCE ubicada en el Estado de México.

Este proceso dio por resultado, que mediante el decreto del ejecutivo publicado en la Gaceta del Gobierno el 17 de febrero de 1998, se creara el Organismo Público Descentralizado de Carácter Estatal denominado Comité de Instalaciones Educativas del Estado de México (CIEEM).

Al Comité le fue definido su objeto social para planear y programar la construcción, reparación, mantenimiento, habilitación y equipamiento de la infraestructura educativa en todos los niveles y modalidades, para contribuir en la ampliación de la cobertura del servicio que la modernidad educativa exija y abatir los rezagos existentes en la entidad.

La primera estructura de organización autorizada al Comité data del mes de mayo de 1998 y se caracteriza por la integración de 15 unidades administrativas (una dirección general, una contraloría interna, tres direcciones de área y 10 departamentos).

Con la expedición del Código Administrativo del Estado de México el 13 de diciembre de 2001, en su Libro Tercero, Título Octavo, se abroga el Decreto del Ejecutivo por el que se crea el Organismo Público Descentralizado de Carácter Estatal denominado Comité de Instalaciones Educativas del Estado de México (CIEEM), del 17 de febrero de 1998; sin embargo, quedaron establecidas en el mencionado Código las atribuciones que se le habían conferido a este organismo descentralizado de la Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social.

Por otra parte, en agosto de 2002 la Secretaría de Administración autorizó la segunda estructura de organización para el Comité, en la cual cambio de denominación la Dirección de Planeación de Obras por Dirección de Programación y Proyectos, para quedar integrada por 15 unidades administrativas (una dirección general, una contraloría interna, tres direcciones de área y 10 departamentos).

Finalmente, en noviembre de 2003, la Secretaría de Finanzas, Planeación y Administración autorizó al Comité dos nuevas unidades staff de Dirección General: la de Seguimiento y Control de Programas y la de Asuntos Jurídicos, por lo que el organismo quedó integrado por 17 unidades administrativas (una dirección general, tres unidades staff de dirección general, tres direcciones de área y 10 departamentos).